Редкие и исчезающие виды. Красная книга
В Витимском заповеднике произрастают редкие виды, занесённые в Красную книгу России, Красную книгу Иркутской области.
- Сосудистые растения, включенные в Красную книгу РФ (5 видов): родиола розовая, наяда гибкая, калипсо луковичная, бородиния байкальская (бородиния Тилинга), надбородник безлистный.
- Лишайники, включенные в Красную книгу РФ (9 видов): асахинея Шоландера, нефромопсис Комарова, лобария легочная, лобария сетчатая, мэйсонхэйлеа Ричардсона, лептогиум Бурнета, лептогиум Гильденбранда, пиксине соредиозная, тукнерария Лаурера.
- Сосудистые растения, включенные в Красную книгу Иркутской области (26 видов): остролодочник кодарский, хаммарбия болотная, ветреница лысая, бородиния крупнолистная, шилолистник водяной, родиола четырехраздельная, родиола розовая, ирис гладкий, рододендрон Редовского, каулиния гибкая, тайник сердцевидный, кубышка малая, диапенсия обратнояйцевидная, рододендрон Адамса, лилия пенсильванская, княжик охотский, акомастилис ледяной, плаун можжевельниковый, смородина дикуша, калипсо луковичная, кувшинка четырехугольная, многорядник копьевидный, хохлатка пионолистная, жирянка лопатчатая, жирянка обыкновенная, скерда тунгусская.
- Мохообразные, включенные в Красную книгу Иркутской области (6 видов): схистидиум нежный, трематодон сомнительный, анектангиум Томсона, миелихгоферия удлиненная, неккера северная, мириния подушковидная.
- Лишайники, включенные в Красную книгу Иркутской области (17 видов): кладония Каневского, лептигиум азиатский, лептигиум Бурнета, лептигиум Гильденбранда, лобария сетчатая, лобария ямчатая, лобария легочная, стикта Райта, паннария шерстистая, асахинея Шоландера, мэйсонхэйлея Ричардсона, нефромопсис Комарова, нефромопсис Лаурера, пармелия шинаньская, уснея растрескавшаяся, усноцетрария Оакеза, пиксина соредиальная.
- Грибы, включенные в Красную книгу Иркутской области (7 видов): ежовик альпийский, кордицепс военный, дрожжалка гриболюбивая, трутовик чозениевый, осиновик белый, тектелла блюдцевидная, лепиота древесинная.
- Млекопитающие, занесенные в Красную книгу России (2 вида): черношапочный сурок – прибайкальский подвид, снежный баран – кодарский подвид.
- Птицы, включенные в Красную книгу России (15 видов): чёрный аист, беркут, орлан – белохвост, сокол – сапсан, скопа, филин, журавль красавка, серый гусь, гуменник сибирский таежный, малый лебедь, клоктун, касатка, большой подорлик, малая крачка, дубровник.
- Рыбы, включенные в Красную книгу РФ: голец арктический.
- Млекопитающие, включенные в Красную книгу Иркутской области (3 вида): черношапочный сурок – прибайкальский подвид, выдра, снежный баран – кодарский подвид.
- Рыбы, включенные в Красную книгу Иркутской области (7 видов): минога дальневосточная ручьевая, сибирский осетр, ленок, таймень, голец арктический, тугун, валек.
- Птицы, включенные в Красную книгу Иркутской области (21 вид): черный аист, серый гусь, гуменник сибирский таежный, лебедь кликун, малый лебедь, клоктун, каменушка, огарь, скопа, беркут, орлан-белохвост, сапсан, дербник, черный журавль, серый журавль, красавка, длиннопалый песочник, большой кроншнеп, большой веретенник, филин, обыкновенный зимородок.